Aanvallen op de evolutie van conservatieve religieuze gelovigen omvatten vaak de bewering dat er geen hard bewijs is voor evolutie die zich daadwerkelijk voordoet. Veel mensen worden beïnvloed door dergelijke claims, deels omdat hoewel de claim dramatisch en gemakkelijk kan worden gemaakt, weerleggingen noodzakelijkerwijs tijdrovend, academisch en veel minder dramatisch zijn. De waarheid is echter dat er overvloedig bewijs bestaat voor evolutie. Het verschil tussen analoge en homologe structuren biedt een interessante manier voor atheïsten (en theïsten die evolutie accepteren) om bewijs te beschrijven van evolutie die uit twee richtingen komt.
Analoge / convergente structuren
Sommige biologische kenmerken zijn analoog (ook "convergent" genoemd), wat betekent dat ze dezelfde functie in verschillende soorten hebben, maar ze onafhankelijk zijn geëvolueerd in plaats van uit hetzelfde embryologische materiaal of uit dezelfde structuren in een gemeenschappelijke voorouder. Een voorbeeld van een analoge structuur zijn de vleugels op vlinders, vleermuizen en vogels.
Een ander belangrijk voorbeeld zou de ontwikkeling van een camera-type oog in zowel weekdieren als gewervelde dieren zijn. Dit voorbeeld van analoge structuren is vooral nuttig omdat een van de meest voorkomende beweringen van religieuze creationisten is dat zoiets complexs als een oog onmogelijk op natuurlijke wijze kan zijn geëvolueerd - ze staan erop dat de enige uitvoerbare verklaring een bovennatuurlijke ontwerper is (die is altijd hun god, hoewel ze dit zelden ronduit toegeven).
Het feit dat ogen in verschillende soorten analoge structuren zijn, bewijst niet alleen dat het oog op natuurlijke wijze zou kunnen evolueren, maar dat het in feite meerdere keren, onafhankelijk en op enigszins verschillende manieren evolueerde. Hetzelfde geldt ook voor andere analoge structuren, en dit komt omdat bepaalde functies (zoals kunnen zien) gewoon zo nuttig zijn dat het onvermijdelijk is dat ze uiteindelijk zullen evolueren. Er zijn geen bovennatuurlijke wezens, goden of niet, nodig om uit te leggen of te begrijpen hoe ogen meerdere keren evolueerden.
Homologe structuren
Homologe structuren zijn daarentegen kenmerken die worden gedeeld door verwante soorten omdat ze op een bepaalde manier zijn geërfd van een gemeenschappelijke voorouder. De botten op de voorste vinnen van een walvis zijn bijvoorbeeld homoloog aan de botten in een menselijke arm en beide zijn homoloog aan de botten in een chimpansee-arm. De botten in al deze verschillende lichaamsdelen op verschillende dieren zijn in principe dezelfde botten, maar hun maten zijn verschillend en ze dienen enigszins verschillende functies in de dieren waar ze worden gevonden.
Homologe structuren leveren bewijs van evolutie omdat ze biologen in staat stellen om het evolutionaire pad van verschillende soorten te volgen, ze te verbinden in de grotere evolutionaire boom die al het leven terug verbindt met een gemeenschappelijke voorouder. Zulke structuren zijn ook sterk bewijs tegen creationisme en Intelligent Ontwerp: als er een godheid was die alle verschillende soorten creëerde, waarom dan steeds dezelfde basisonderdelen in verschillende wezens gebruiken voor verschillende functies? Waarom geen volledig nieuwe onderdelen gebruiken die speciaal zijn ontworpen voor specifieke en verschillende doeleinden?
Een "perfectere hand" en een "perfectere flipper" zouden zeker kunnen worden gecreëerd indien gebaseerd op onderdelen die zijn ontworpen voor hun specifieke doel. In plaats daarvan zijn we in werkelijkheid onvolmaakte lichaamsdelen en ze zijn gedeeltelijk onvolmaakt omdat ze allemaal zijn afgeleid van botten die oorspronkelijk om andere redenen volledig bestonden. De botten werden aangepast, gedurende lange tijdspannen, voor nieuwe doeleinden die ze nodig hadden om nauwelijks te slagen. Evolutie vereist alleen dat iemand beter is dan concurrenten, en niet dat die theoretisch mogelijk is. Dit is de reden waarom imperfecte kenmerken en structuren de norm zijn in de natuurlijke wereld.
In feite kan gezegd worden dat de hele biologische wereld uit homologe structuren bestaat: al het leven is gebaseerd op dezelfde soorten nucleotiden en dezelfde aminozuren. Waarom? Een perfecte en intelligente ontwerper kan gemakkelijk leven creëren met een verscheidenheid aan aminozuren en DNA-structuren, allemaal specifiek geschikt voor bepaalde doeleinden. De aanwezigheid van dezelfde chemische structuren in al het leven is een bewijs dat al het leven is gerelateerd en ontwikkeld vanuit een gemeenschappelijke voorouder. Het wetenschappelijk bewijs is ondubbelzinnig: geen goden of andere ontwerpers hadden invloed op de ontwikkeling van het leven in het algemeen of het menselijk leven in het bijzonder. We zijn wat we zijn vanwege onze evolutionaire erfenis, niet vanwege de verlangens of de wil van welke godheden dan ook.
